防护隔断门控制系统由启闭设备、锁定装置和控制柜组成。每道门设1套启闭设备和2台同步电动锁定装置及1台控制柜(防护隔断门控制柜设区间水位检测)。电动锁定装置由防护隔断门控制系统控制并与信号系统联锁。

防护隔断门控制系统为2套相对独立的控制装置，设在车站防护隔断门控制室内，负责监视本车站左、右线隧道防护隔断门及其附属设备的运行状态、对水位传感器传送来的水位信号进行比较和确认，并根据确认结果将相应的报警信号送到车站控制室并上送BAS系统。需要进行关门控制时，向信号系统发出请求关门信号，当接收到允许关门信号后，才可以人工下达关门指令。防护隔断门控制装置控制所管辖的防护隔断门的关门和开门过程。

当隧道发生水灾，两端车站防护隔断门控制装置收到水位预报警信号后，自动向车站控制室发出预报警信号，同时开始计算水位上涨速度，上涨速度达到设定值，则立即向车站控制室发出水位危险报警信号，同时人工向信号系统发出请求关门信号。如果水位上涨速度未到设定值，但区间水位达到4级水位时(即危险报警水位)，也自动向车站控制室发出水位危险报警信号，并立即操作控制面板上的请求关门按钮向信号系统发出请求关门信号。

信号系统确认可以关门的情况下，则封锁相应的防护隔断门防护信号机，同时向防护隔断门控制系统发出允许关门信号。防护隔断门控制系统在收到允许关门信号后，通过人工发出关门指令，将防护隔断门关闭。